日本消化器内視鏡学会は、その前身を日本胃カメラ学会と称し、1959年（昭和34年）に設立され、1961年（昭和36年）に日本内視鏡学会へと発展し、次いで1973年（昭和48年）に現在の名称に変更されております。

日本における消化器内視鏡の発展は、1950年に医師および光学技術者の協力により胃カメラが開発され、その後の改良と臨床応用、さらにファイバースコープ、電子内視鏡の開発改良、普及を見るに至っております。

当学会の初期の大きな業績の一つは、早期胃がんの診断学の確立であります。すなわち1962年に早期胃がんの肉眼分類が作成され、これを土台に消化管の粘膜の微細病変の診断に大きな足跡を残してまいりました。

さらに、ファイバースコープの時代になって、内視鏡所見の組織学的裏付けを可能とした消化管粘膜生検が実用化され、1970年頃（昭和40年代半ば）以降は種種の内視鏡的治療が発展し、この領域は今日飛躍的な進歩をとげております。また現在では食道、胃、十二指腸、大腸のみならず胆道、膵管さらに胆などの広範な消化器分野の内視鏡診断が可能となり、治療面では消化管出血に対する止血、早期食道・胃・大腸癌などに対する粘膜切除、狭窄解除、結石除去などに威力を発揮しております。加えて近年のコンピューター化により、内視鏡所見のファイリング等の面でも大きな発展をとげようとしております。

当学会は設立当初より内視鏡機器、手技をはじめ内視鏡学全領域で全世界に対して指導的役割を果たしてきており、数多くの専門医家の育成にも努めてまいりました。

現在本学会会員数は3万5千名（2023年2月現在）を超え、下部組織として全国に10支部を擁し活発な活動を行っております。今後とも引き続き当学会は人類の福祉に貢献することを目指して努力を重ねて行きたいと考えております。