1. 日本消化器内視鏡学会総会の開催 （年2回春、秋）
2. 日本消化器内視鏡学会地方会の開催 （年1～3回、開催日不定期）
   北海道、東北、関東、甲信越、東海、北陸、近畿、中国、四国、九州の10ヵ所
3. 日本消化器内視鏡学会附置研究会、同好会の開催
4. 機関誌発行
   • Gastroenterological Endoscopy（和文）月刊
   • Digestive Endoscopy（英文）月刊
   • DEN Open（英文）年刊 (Continuous publication)
5. 講習会（各地区とも必要に応じて）開催
   全国各地の指導施設等にて初心者のための講習および臨床研修
6. 専門医制度施行
   専門医、指導医の認定、指導施設の委嘱
7. セミナーの開催
   学会セミナー、重点卒後教育セミナー、他各支部における支部セミナー
8. 消化器内視鏡技師制度施行
   消化器内視鏡技師の認定
9. 国内の主な加盟団体
   • 日本学術会議
   • 日本医学会
   • 一般社団法人日本医学会連合